Họ chim này có quan hệ họ hàng rất gần với các họ khác trong bộ Bồ nông (Pelecaniformes). Hiện nay, nói chung người ta công nhận có 4 loài còn sinh tồn trong cùng một chi với danh pháp khoa học Anhinga. Chim cổ rắn phương đông là loài cận mức nguy hiểm. Sự phá hủy môi trường sinh sống cùng với các sự can thiệp khác của con người là những nguyên nhân chính làm cho số lượng của loài này bị suy giảm.

Các loài còn sinh tồn

• Anhinga anhinga: Chim cổ rắn châu Mỹ
• Anhinga melanogaster: Điên điển phương Đông, chim cổ rắn phương đông
• Anhinga rufa: Chim cổ rắn châu Phi
• Anhinga novaehollandiae: Chim cổ rắn Úc

Các "loài" tuyệt chủng được biết đến nhờ các bộ xương ở Mauritius và Australia đã được đặt tên khoa học là Anhinga nana (chim cổ rắn Mauritius) và Anhinga parvus, nhưng chúng đã bị xác định sai lầm các bộ xương của chim cốc đuôi dài (Phalacrocorax africanus) và chim cốc nhỏ có mào (Phalacrocorax melanoleucos), một cách tương ứng (Olson, 1975). Tuy nhiên, trong trường hợp đầu tiên, chúng có thể thuộc về một phân loài đã tuyệt chủng, có thể tạm được gọi là Phalacrocorax africanus nanus (chim cốc Mauritius lùn) - trớ trêu thay, do nanus/nana có nghĩa là "lùn" nhưng các bộ phận còn sót lại của nó lại lớn hơn những phần tương ứng của những con chim cốc đuôi dài phân bổ rất gần về mặt địa lý.

Hóa thạch

Có một lượng khá lớn các loài và các chi tiền sử chỉ tìm thấy từ các hóa thạch (chủ yếu là trong kỷ đệ Tam); trong số đó được đặt tên một cách thích hợp là Macranhinga, Meganhinga và Giganhinga, đại diện cho những con chim cổ rắn rất lớn và không biết bay.

Các loài tiền sửa của Anhinga được cho là phân bố trong các điều kiện khí hậu giống ngày nay, phân bố từ châu Âu trong Miocene ẩm hơn và nóng hơn. Dòng nhỏ hơn đã sống sót trong hơn 20 triệu năm. Các bằng chứng hóa thạch loài cho thấy chúng tập trung quan xích đạo, với loài trẻ hơn phân bố về phía đông của châu Mỹ, Hadley cell có vẻ là yếu tố chính giúp chi này vượt qua nguy cơ tuyệt chủng và sống sót:[5]

• Anhinga subvolans (Brodkorb, 1956) (Miocene sớm, Thomas Farm, USA) – trước đây thuộc Phalacrocorax[6]
• Anhinga cf. grandis (Miocene giữa ở Colombia –? Pliocene muộn ở Trung-Nam Nam Mỹ)[7]
• Anhinga sp. (Sajóvölgyi Miocene giữa ở Mátraszõlõs, Hungary) – A. pannonica?[8]
• "Anhinga" fraileyi Campbell, 1996 (Miocene muộn–? Pliocene sớm ở Trung-Nam Nam Mỹ) – có thể thuộc Macranhinga[9]
• Anhinga pannonica Lambrecht, 1916 (Miocene muộn ở Trung Âu? và Tunisia, Đông Phi, Pakistan và Thái Lan –? Sahabi Pliocene sớm ở Libya)[10]
• Anhinga minuta Alvarenga & Guilherme, 2003 (Solimões Miocene muộn/Pliocene sớm ở trung-nam Nam Mỹ)[11]
• Anhinga grandis Martin & Mengel, 1975 (Miocene muộn –? Pliocene muộn ở Hoa Kỳ)[12]
• Anhinga malagurala Mackness, 1995 (Allingham Early Pliocene of Charters Towers, Australia)[13]
• Anhinga sp. (Early Pliocene of Bone Valley, USA) – A. beckeri?[14]
• Anhinga hadarensis Brodkorb & Mourer-Chauviré, 1982 (Pliocene muộn/Pleistocene sớm ở Đông Phi)[15]
• Anhinga beckeri Emslie, 1998 (Early – Late Pleistocene of SE USA)[14]

Protoplotus, một chi phalacrocoraciform nhỏ trong Paleogene ở Sumatra, từng được xem là một nhóm chim cổ rắn nguyên thủy. Tuy nhiên, nó cũng được xếp thành họ riêng (Protoplotidae) và có thể là một nhánh cơ bản của Sulae và/hoặc gần với tổ tiên chung của cormorants và chim cổ rắn.[16]